Vapaa-ajattelijain liitto toimii Suomessa uskontokuntiin kuulumattomien, erityisesti uskonnottomien etu- ja oikeusturvajärjestönä.
Vapaa-ajattelijain liiton kulttuuriohjelman mukaan liitto toimii uskonnottomien yhteiskunnallisen ja oikeudellisen aseman parantamiseksi tekemällä aloitteita valtiovallalle ja kunnille ja toimimalla uskonnottomien puolestapuhujana julkisessa keskustelussa.
Liiton sääntöjen mukaan liitto toimii vapaa-ajattelijain, ateistien ja humanistien muodostamien rekisteröityjen vapaa-ajattelijayhdistysten välisenä yhdyssiteenä ja keskusjärjestönä. Samalla se on näiden katsomuksellisten ryhmien etu-, oikeusturva- ja kulttuurijärjestö.
Sääntöjen mukaan liiton tarkoituksena on tieteellisen maailmankatsomuksen levittäminen sekä jäsenyhdistysten toiminnan edistäminen niiden työskennellessä sääntöjensä puitteissa maan molempien valtiokirkkojen erottamiseksi valtiosta ja niiden julkisoikeudellisen aseman lakkauttamiseksi. Liitto valvoo uskonnonvapauslain soveltamista ja noudattamista sekä vapaa-ajattelijain, ateistien ja humanistien ihmis- ja kansalaisoikeuksien loukkaamattomuutta sekä ajaa sellaisia lainsäädännöllisiä muutoksia, jotka turvaavat uskonnottomuuden ja ateismin vapauden sekä näiden katsomusten kannattajien kaikenpuolisen tasa-arvoisen kohtelun muihin kansalaisiin nähden.
Liitto on poliittisesti ja kaupallisesti riippumaton ja sitoutumaton.
Liitto avustaa henkilöitä, joiden vakaumuksenvapautta on loukattu tai jotka muutoin ovat joutuneet syrjityiksi uskonnottoman maailman- ja elämänkatsomuksensa takia.